La adopción de cultivos genéticamente modificados (GM) ha llevado a beneficios económicos y ambientales. Sin embargo, existen preocupaciones regulatorias y ambientales respecto al posible movimiento de transgenes más allá de la cultivación. Estas preocupaciones son mayores para los cultivos GM con altas frecuencias de cruzamiento con parientes silvestres sexualmente compatibles y aquellos cultivados en su región nativa. Los cultivos GM más recientes también pueden conferir rasgos que mejoran la aptitud, y la introgressión de estos rasgos podría impactar negativamente a las poblaciones naturales. El flujo de transgenes podría reducirse o prevenirse por completo mediante la adición de un sistema de bioconfinamiento durante la producción de plantas transgénicas. Se han diseñado y probado varios enfoques de bioconfinamiento y algunos muestran promesas para la prevención del flujo de transgenes. Sin embargo, ningún sistema ha sido adoptado ampliamente a pesar de casi tres décadas de cultivo de cultivos GM. No obstante, puede ser necesario implementar un sistema de bioconfinamiento en nuevos cultivos GM o en aquellos donde el potencial de flujo de transgenes sea alto. Aquí, revisamos tales sistemas que se centran en la esterilidad masculina y de semillas, la excisión de transgenes, la floración retrasada, así como el potencial de CRISPR/Cas9 para reducir o eliminar el flujo de transgenes. Discutimos la utilidad y eficacia del sistema, así como las características necesarias para la adopción comercial.