El quitosano es uno de los polisacáridos más utilizados en el diseño de estrategias de liberación de fármacos para la administración de biomacromoléculas o fármacos de bajo peso molecular. Para estos propósitos, se utiliza frecuentemente como material formador de matriz en partículas de tamaño nano y micro. Además de sus interesantes propiedades fisicoquímicas y biofarmacéuticas, que incluyen una alta mucoadhesión y una gran capacidad para producir sistemas de liberación de fármacos, garantizar la biocompatibilidad de los vehículos de liberación de fármacos es un tema de gran relevancia. Sin embargo, este asunto no se aborda tan frecuentemente como se desearía y, aunque la aplicación de portadores de quitosano ha sido ampliamente explorada, la demostración de la biocompatibilidad de los sistemas aún está en su infancia. En esta revisión, se discute la biocompatibilidad de los portadores de quitosano con aplicación en la liberación de fármacos y se describen los métodos utilizados, explorando el efecto de diferentes variables. Además, proporcionamos una discusión sobre las metodologías utilizadas, así como sobre las dificultades que surgen de la ausencia de estandarización de procedimientos.