La creciente demanda de alimentos cualitativos y varietales por parte de la sociedad de consumidores es una gran preocupación para la producción de energía, y la utilización de esa energía de manera prudente para la gestión sostenible de los recursos es un gran desafío en un futuro inminente. Los recursos existentes (tierra, agua, fertilizantes, etc.) y sus aspectos socioeconómicos exigen a la comunidad agrícola adoptar estrategias alternativas destinadas a mejorar la eficiencia en el uso de insumos y mejorar la calidad ambiental. La capacidad de adaptación de los microbios para prosperar en diferentes entornos ha llevado a los científicos a introducir la intervención microbiana en los procesos agrícolas. El bioacondicionamiento tiene el potencial de cumplir muchos objetivos del sistema de producción moderno con el uso de microorganismos beneficiosos de manera ecológica. Interesantemente, también desempeña un papel crucial en mejorar la eficiencia en el uso de nutrientes de los cultivos. Existe evidencia creciente de un cambio de paradigma del uso de un solo microbio a un enfoque de consorcio para la ingeniería eficiente de la rizosfera en el contexto de la agricultura sostenible. Nuestra comprensión de diferentes cascadas de señalización, química de la rizosfera y otros mecanismos de interacciones planta-microbio permitirá diseñar estrategias adecuadas para aprovechar los mejores servicios del ecosistema, incluida la mejora de la eficiencia en el uso de recursos.