Los yaks son animales de alimento importantes en China; sin embargo, las enfermedades diarreicas bacterianas ocurren con frecuencia en la meseta, con terapias efectivas limitadas. El objetivo de esta investigación fue evaluar la efectividad de (LS) y berberina en el alivio de la diarrea en terneros de yak. Para este propósito, dieciocho terneros de yak sanos fueron divididos en grupos de control (JC), infectados (JM) y de tratamiento (JT). Los yaks en el grupo JT fueron tratados con 2 x 10 CFU/ternero y 20 mg/kg de berberina, y los yaks en los grupos JM y JT fueron inducidos con resistencia a múltiples fármacos. Los resultados mostraron que la tasa de crecimiento en el grupo JM fue significativamente menor que en los grupos JC y JT. La puntuación de diarrea en el grupo JM fue significativamente más alta que en ambos grupos JC y JT. Además, los contenidos de T-AOC, SOD, GSH-Px e IL-10 fueron significativamente más bajos en el grupo JM que en los grupos JC y JT, mientras que MDA, TNF-alfa, IL-1beta e IL-6 fueron significativamente más altos en el grupo JM. La secuenciación de microbiota identificó dos filos y veintisiete géneros como significativos entre los grupos de yak. Notablemente, se observaron géneros probióticos como Faecalibaculum y Parvibacter, junto con géneros dañinos, incluyendo Marvinbryantia y Lachnospiraceae UCG-001. Nuestros hallazgos indican que el tratamiento con berberina redujo significativamente la incidencia de diarrea, mejoró el rendimiento del crecimiento y moduló positivamente la microbiota intestinal, lo que podría proporcionar nuevas perspectivas para el desarrollo de nuevas terapias para la diarrea en rumiantes.