El concepto de calidad alimentaria, tradicionalmente basado en propiedades nutricionales y sensoriales, ha adquirido recientemente un significado adicional, refiriéndose a las propiedades saludables de los productos vegetales, que se atribuyen a los metabolitos secundarios de las plantas llamados fitoquímicos, representados principalmente por compuestos polifenólicos y glucosinolatos. La diversidad y contenido de fitoquímicos en los productos vegetales se ven afectados por diferentes variables, como el genotipo de la planta, factores agronómicos y hongos micorrícicos arbusculares (AMF), que establecen simbiosis micorrícicas con la mayoría de los cultivos, incluidos cereales, legumbres, hortalizas, árboles frutales, girasol, algodón y caña de azúcar. Los AMF y las bacterias asociadas mejoran el crecimiento y la salud de las plantas, y afectan la producción de polifenoles y carotenoides, y la actividad de enzimas antioxidantes. Se ha demostrado que la producción de fitoquímicos saludables se modula diferencialmente por diferentes aislados de AMF y cepas bacterianas, en varios cultivos alimentarios, es decir, tomate, lechuga, fresa, alcachofa, maíz, vid, girasol. Aquí proporcionamos una visión general de estudios recientes sobre los múltiples roles desempeñados por los AMF y las bacterias asociadas en la modulación de la biosíntesis de metabolitos secundarios de plantas con actividad saludable, y discutimos el desarrollo de consorcios multifuncionales diseñados para ser utilizados en la agricultura sostenible.