Crohndb: una base de datos web para el perfilado de la expresión de genes de ARN codificante de proteínas y ARN largo no codificante en la enfermedad de Crohn
Autores: Distefano, Rebecca; Ilieva, Mirolyuba; Madsen, Jens Hedelund; Uchida, Shizuka
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Crohndb: una base de datos web para el perfilado de la expresión de genes de ARN codificante de proteínas y ARN largo no codificante en la enfermedad de Crohn
Categoría
Ingeniería y Tecnología
Subcategoría
Ingeniería de Sistemas
Palabras clave
Enfermedad de Crohn
Enfermedad inflamatoria intestinal
Secuenciación de ARN
ARN no codificante
ARN largo no codificante
CrohnDB
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 21
Citaciones: Sin citaciones
La enfermedad de Crohn (CD) es un tipo de enfermedad inflamatoria intestinal que causa inflamación en el tracto digestivo. Los casos de CD están aumentando en todo el mundo, lo que hace necesario realizar más investigaciones para dilucidar la patogénesis de la CD. Con este propósito, se aprecia cada vez más el uso de la técnica de secuenciación de ARN (RNA-seq), ya que captura los patrones de expresión de ARN en un punto temporal específico de manera de alto rendimiento. Aunque muchos conjuntos de datos de RNA-seq se generan a partir de pacientes con CD y se comparan con los de donantes sanos, la mayoría de estos conjuntos de datos se analizan solo para genes codificadores de proteínas, dejando sin descubrir los ARN no codificantes (ncRNAs). Los ARN largos no codificantes (lncRNAs) son cualquier ncRNAs que son más largos que 200 nucleótidos. El interés en estudiar los lncRNAs está aumentando rápidamente, ya que los lncRNAs se unen a otras macromoléculas (ADN, ARN y/o proteínas) para afinar las vías de señalización. Para llenar el vacío de conocimiento sobre los lncRNAs en la CD, realizamos un análisis secundario de datos de RNA-seq publicados de pacientes con CD en comparación con donantes sanos para identificar genes lncRNA y sus cambios de expresión. Para facilitar aún más la investigación de lncRNA en la CD, creamos una base de datos web, CrohnDB, para proporcionar un lugar único para el perfil de expresión de genes codificadores de proteínas y lncRNA en pacientes con CD en comparación con donantes sanos.
Descripción
La enfermedad de Crohn (CD) es un tipo de enfermedad inflamatoria intestinal que causa inflamación en el tracto digestivo. Los casos de CD están aumentando en todo el mundo, lo que hace necesario realizar más investigaciones para dilucidar la patogénesis de la CD. Con este propósito, se aprecia cada vez más el uso de la técnica de secuenciación de ARN (RNA-seq), ya que captura los patrones de expresión de ARN en un punto temporal específico de manera de alto rendimiento. Aunque muchos conjuntos de datos de RNA-seq se generan a partir de pacientes con CD y se comparan con los de donantes sanos, la mayoría de estos conjuntos de datos se analizan solo para genes codificadores de proteínas, dejando sin descubrir los ARN no codificantes (ncRNAs). Los ARN largos no codificantes (lncRNAs) son cualquier ncRNAs que son más largos que 200 nucleótidos. El interés en estudiar los lncRNAs está aumentando rápidamente, ya que los lncRNAs se unen a otras macromoléculas (ADN, ARN y/o proteínas) para afinar las vías de señalización. Para llenar el vacío de conocimiento sobre los lncRNAs en la CD, realizamos un análisis secundario de datos de RNA-seq publicados de pacientes con CD en comparación con donantes sanos para identificar genes lncRNA y sus cambios de expresión. Para facilitar aún más la investigación de lncRNA en la CD, creamos una base de datos web, CrohnDB, para proporcionar un lugar único para el perfil de expresión de genes codificadores de proteínas y lncRNA en pacientes con CD en comparación con donantes sanos.