El valor probatorio de una coincidencia de ADNmt entre restos biológicos y su donante potencial se determina por la probabilidad de coincidencia aleatoria del haplotipo. Esta probabilidad se basa en la estimación de la frecuencia poblacional del haplotipo. En consecuencia, implementar un estudio poblacional representativo de la población relevante para un caso forense es vital para evaluar correctamente la evidencia. El creciente número de casos de caza furtiva y la disponibilidad limitada de tales datos enfatizan la necesidad de un banco de datos poblacional de ADNmt de ciervo de cola blanca mejorado para fines forenses, incluyendo el objetivo de toda la región de control mitocondrial. Al secuenciar un segmento de 945 pares de bases de la región de control mitocondrial en 138 animales de cinco poblaciones en Hungría, encontramos cuatro haplotipos diferentes, incluyendo uno que aún no había sido descrito. Nuestros resultados, complementados con datos ya disponibles de investigaciones anteriores, no apoyan la posibilidad de determinar la población de origen, aunque se pueden distinguir algunos patrones de separación geográfica. Las estimaciones de diversidad molecular indican una diversidad de ADNmt igualmente baja (Hd = 0.565 y = 0.002) en comparación con datos de otros países. La probabilidad de coincidencia aleatoria calculada de 0.547 muestra una alta probabilidad de coincidencia y, por lo tanto, una capacidad limitada de exclusión. Nuestros resultados indican que, a pesar de la baja diversidad genética general del ADNmt dentro de las muestras de ciervo de cola blanca húngaro, existe un patrón de diferenciación entre las regiones que puede tener relevancia desde un punto de vista forense.