La hibridación entre especies, incluyendo el melón cultivado, se ve obstaculizada por las Barreras Reproductivas Interspecíficas (BRIs). Sin embargo, la naturaleza de las BRIs en gran medida se desconoce. Este estudio explora las ubicaciones, el momento y la contribución al aislamiento reproductivo (AR) de las BRIs pre y post cigóticas. Para ello, evaluamos la capacidad de cruzamiento entre especies silvestres africanas y a nivel pre-cigótico visualizando tubos de polen bajo microscopía de fluorescencia y, a nivel post-cigótico, evaluando la producción de frutos/semillas y la fertilidad de híbridos F. Las distancias genéticas entre especies se inferieron a partir de Genotipado por Secuenciación, y se analizó su correlación con las etapas de AR. Las BRIs pre y post cigóticas observadas incluyeron el arresto de tubos de polen, el fracaso en la producción de frutos y la esterilidad masculina híbrida. Se detectó incongruencia/incompatibilidad cruzada unilateral (ICU) en algunas hibridaciones, y se sugiere una acción genética dominante para la ICU del lado del pistilo en híbridos F interespecíficos. Notablemente, el alotetraploide fue muy fértil como padre de semillas pero infértil en todos los cruces recíprocos. Se encontró que la contribución al AR fue significativa tanto para las BRIs pre como post cigóticas. Además, se detectó una correlación positiva significativa entre la distancia genética y las etapas de AR pre y post cigóticas. Curiosamente, la ICU ofrece un sistema accesible para desentrañar la genética de las BRIs, lo que puede facilitar el uso de parientes silvestres en la mejora genética.