En el sistema financiero de Ecuador, los bancos privados y las cooperativas de ahorro y crédito coexisten, desempeñando ambos un papel clave en la intermediación financiera y la inclusión económica de sectores tradicionalmente desatendidos. Durante la pandemia de COVID-19, estas instituciones enfrentaron desafíos sin precedentes que pusieron a prueba su adaptabilidad y eficiencia operativa. En este contexto, el presente estudio evalúa la eficiencia técnica de los bancos y cooperativas en Ecuador durante el período 2015-2023, utilizando un enfoque combinado que involucra el Análisis de Envoltura de Datos (DEA) y modelos lineales mixtos (MLMs). Se adopta una metodología longitudinal y comparativa, que permite el análisis de las tendencias de eficiencia a lo largo del tiempo y la identificación de sus principales determinantes estructurales. Los resultados muestran que las cooperativas exhiben una eficiencia técnica promedio más alta que los bancos, así como una mayor resiliencia durante la crisis sanitaria. El análisis revela que los gastos operativos impactan negativamente en la eficiencia, mientras que el capital social y la equidad no muestran efectos significativos. Al combinar DEA y MLMs, el estudio ofrece una comprensión más completa y matizada de los factores que influyen en la eficiencia, subrayando la importancia de políticas adaptadas y estrategias institucionales enfocadas en la optimización de recursos y la mejora continua. El estudio concluye que la eficiencia no depende únicamente del tamaño o del volumen de activos, sino más bien de la capacidad de gestión y la adaptabilidad organizacional en entornos complejos y cambiantes.