Los cultivos de albahaca son apreciados por su sabor distintivo y su atractivo para diversas cocinas a nivel mundial. La producción de albahaca se implementa principalmente en sistemas de agricultura en ambiente controlado (AEC). El cultivo sin suelo (por ejemplo, hidropónico) es óptimo para producir albahaca, mientras que la acuaponía es otra técnica adecuada para cultivos de hojas como la albahaca. Acortar la cadena de producción a través de técnicas de cultivo eficientes reduce la huella de carbono de la producción de albahaca. Si bien la calidad organoléptica de la albahaca se beneficia demostrablemente de cortes sucesivos, no se han realizado estudios que comparen el impacto de esta práctica en condiciones de AEC hidropónicas y acuapónicas. Por lo tanto, el presente estudio evaluó el rendimiento eco-fisiológico, nutricional y productivo de la albahaca Genovese cv. Sanremo cultivada en sistemas hidropónicos y acuapónicos (combinados con tilapia) y cosechada de manera consecutiva. Los dos sistemas mostraron un comportamiento eco-fisiológico similar y una capacidad fotosintética, que fue en promedio de 2.99 umol de CO m s, igual número de hojas y rendimientos frescos de 41.69 y 38.38 g, respectivamente. La acuaponía produjo una mayor biomasa seca (+58%) y contenido de materia seca (+37%), mientras que los perfiles de nutrientes variaron entre los sistemas. El número de cortes no influyó en el rendimiento; sin embargo, mejoró la partición de materia seca y provocó una absorción diferencial de nutrientes. Nuestros resultados tienen relevancia práctica y científica al proporcionar retroalimentación eco-fisiológica y productiva útil sobre el cultivo de albahaca en AEC. La acuaponía es una técnica prometedora que reduce la entrada de fertilizantes químicos y aumenta la sostenibilidad general de la producción de albahaca.