La distribución y propagación del topillo de tundra en Lituania han sido documentadas durante los últimos 70 años, pero la diversidad genética de la especie no ha sido estudiada. En este estudio, examinamos individuos atrapados en tres sitios en el norte y oeste de Lituania utilizando análisis de secuencias de mtDNA de la región y del control. Los sitios del oeste y del norte están separados por barreras paisajísticas antropogénicas. El sitio del oeste está sujeto a inundaciones regulares en primavera. Los análisis filogenéticos de los individuos estudiados los colocaron en el filogrupo de Europa Central, sugiriendo que los lituanos se originaron en el noreste de Polonia. En Lituania, la diversidad genética de los individuos en ambos loci de mtDNA fue relativamente baja en comparación con la encontrada en otras muestras europeas. Los individuos analizados en Lituania eran genéticamente diferentes de las muestras recolectadas en Polonia y el norte de Europa. La divergencia genética entre las muestras del oeste y del norte en Lituania, junto con la baja variabilidad genética entre los topillos estudiados, proporciona nuevas perspectivas sobre la filogeografía de la especie y la influencia de las barreras en la colonización del país.