Este estudio investiga cómo el color de las raíces en la soja afecta la composición de isoflavonas, la diversidad bacteriana en la rizosfera, los fenoles totales, los flavonoides totales y la actividad antioxidante en un sistema de cultivo hidropónico. Notablemente, las raíces marrones de soja (SBR) acumularon contenidos significativamente más altos de isoflavonas, exhibiendo un aumento aproximado de 14.9 veces en los glucósidos totales (141.75 a 2121.59 ug/g), un aumento de 7.3 veces en los malonil-beta-glucósidos totales (127.52 a 930.45 ug/g), un aumento de 2.8 veces en los agliconas totales (1825.90 a 5145.21 ug/g) y un aumento de 3.9 veces en las isoflavonas totales (2095.16 a 8197.26 ug/g) en comparación con las raíces blancas de soja (SWR). El perfil de las bacterias aisladas de la rizosfera reveló - como la clase predominante en ambos tipos de raíces, constituyendo el 77.6% y el 73.9% de la comunidad bacteriana en SWR y SBR, respectivamente. Sin embargo, las SBR apoyaron un ecosistema bacteriano más diverso, albergando trece géneros en comparación con solo ocho géneros en SWR. También se asociaron con las SBR un aumento en los fenoles totales, los flavonoides totales y la actividad de captura de radicales. Estos hallazgos arrojan luz sobre la interacción dinámica entre las características de las raíces, las interacciones bacterianas y la biosíntesis de metabolitos secundarios en la soja cultivada hidropónicamente. Este trabajo no solo avanza nuestra comprensión de las relaciones entre raíces de plantas, microbioma y metabolitos, sino que también ofrece un enfoque novedoso para explorar el potencial de mejorar los metabolitos secundarios en las plantas de soja a través de un cultivo de precisión.