La agricultura orgánica y convencional son vitales para el desarrollo de la sociedad humana; sin embargo, el uso de agua contaminada y el uso inapropiado de fertilizantes químicos orgánicos pueden llevar a un aumento en la carga microbiana (potencialmente patógena) de la microbiota normal del suelo agrícola. En este contexto, el objetivo de nuestro estudio fue aislar bacterias Gram-negativas de la capa superficial del suelo y del agua de riego de áreas agrícolas (11 granjas orgánicas y nueve granjas convencionales) y considerar su importancia potencial de riesgo ecológico y de salud. A través del aislamiento de cultivos utilizando tres medios bacterianos (TSA) agar de soja tripticasa (medio nutritivo general); bacterias Gram-negativas de MacConkey y agar de azul de metileno de eosina (selectivo para Enterobacteriaceae) y pruebas bioquímicas clásicas, registramos un total de 12 especies bacterianas, la mayoría pertenecientes a la familia Enterobacteriaceae, como , , , y , que pueden ser patógenas para humanos y animales. En contraste, bacterias como , , y podrían trabajar facultativamente como diazotróficas o rizobacterias promotoras del crecimiento de las plantas. La riqueza de bacterias del suelo detectada con los medios aplicados fue significativamente mayor que la de las bacterias del agua, pero no encontramos diferencias significativas entre la agricultura orgánica y convencional. Concluimos que las bacterias aisladas en el agua y el suelo pertenecen en su mayoría a bacterias enteropatógenas que podrían ser patógenas para animales y humanos. Mientras que otras bacterias como podrían ser consideradas útiles al mejorar la disponibilidad de nutrientes en el suelo agrícola.