Este estudio explora el papel en gran medida pasado por alto de las comunidades fúngicas en los sistemas de biorremediación de aguas residuales en acuicultura. Utilizando un sistema de tratamiento integrado mejorado con bacterias fotosintéticas y secuenciación de espaciadores transcritos internos (ITS), la investigación revela que Ascomycota y Chytridiomycota dominan la comunidad fúngica, con géneros clave como , , y . El análisis de grupos funcionales a través de FUNGuild mostró correlaciones negativas significativas entre los niveles de nutrientes y varios grupos fúngicos, lo que indica su participación en la reducción de contaminantes. El sistema logró tasas de eliminación del 71.42% (CODMn), 91.37% (NH-N), 88.80% (NO-N), 87.20% (NO-N) y 91.72% (PO-P). Estos hallazgos subrayan la importancia ecológica de los hongos en el tratamiento de aguas residuales y ofrecen una base para futuras investigaciones sobre sus roles funcionales en tales sistemas.