Entender las poblaciones dominantes y las funciones biológicas de las bacterias endofíticas fijadoras de nitrógeno en las plantas de manzana es de gran importancia para la gestión del crecimiento saludable y el desarrollo sostenible del cultivo de manzanas. En este estudio, investigamos la diversidad de la comunidad y las potenciales habilidades promotoras del crecimiento de las plantas de las bacterias endofíticas fijadoras de nitrógeno en diferentes tejidos de los manzanos, combinando la secuenciación de alto rendimiento del gen con técnicas tradicionales de aislamiento y cultivo. Los resultados de la secuenciación revelaron que las bacterias endofíticas estaban afiliadas a 10 filos, 14 clases, 30 órdenes, 42 familias y 72 géneros. fue el género dominante en las raíces y ramas, mientras que dominó los tejidos foliares. La diversidad y riqueza de las bacterias endofíticas en las raíces fueron significativamente mayores que en las hojas. Utilizando cuatro tipos de medios libres de nitrógeno, se aislaron un total de 138 cepas presuntivas de bacterias endofíticas fijadoras de nitrógeno de raíces, hojas y ramas. Estos aislados pertenecían a 32 grupos taxonómicos que abarcan 5 filos, 8 clases, 11 órdenes, 13 familias y 18 géneros. El gen se amplificó con éxito a partir de las cepas representativas de los 32 grupos utilizando cebadores específicos. La actividad de nitrogenasa entre los aislados varió de 26.86 a 982.28 nmol/(h·mL). Algunas cepas también mostraron la capacidad de secretar ácido indol-3-acético (IAA), solubilizar fosfato y potasio, y producir sideróforos. Se probaron seis cepas individuales y tres consorcios microbianos por sus efectos promotores del crecimiento en plántulas de cultivo de tejidos de manzana. Todos los tratamientos mostraron efectos promotores del crecimiento en diferentes grados, siendo el consorcio RD01+RC16 el que mostró los resultados más significativos: la altura de las plantas, el número de hojas y el contenido de clorofila fueron 2.4, 3.3 y 4.2 veces mayores que los del control, respectivamente. Estos hallazgos demuestran la rica diversidad de bacterias endofíticas fijadoras de nitrógeno en las plantas de manzana y su prometedor potencial para su aplicación en la promoción del crecimiento de la planta huésped.