El carbono orgánico del suelo (SOC) influye en gran medida en la calidad y sostenibilidad del suelo. Los efectos de la labranza cero (NT) y las prácticas de devolución de paja de cultivos (SR) en la secuestración de carbono orgánico del suelo han sido bien documentados. Sin embargo, el mecanismo de la comunidad bacteriana del suelo en la regulación del carbono orgánico del suelo bajo NT y SR sigue siendo desconocido. En este estudio, investigamos los impactos de la labranza (labranza convencional (CT) y NT) y las prácticas de devolución de paja de cultivos (remoción de paja de cultivos (NS) y SR) en la comunidad bacteriana de la capa superficial del suelo (0-5 cm), emisiones de CH y CO y fracciones de SOC en el sistema de cultivo de arroz-trigo. En general, en la temporada de trigo siguiente a la rotación anual de arroz-trigo en dos ciclos, NT aumentó significativamente el SOC en un 4.4% para agregados de 1-2 mm en la capa de suelo de 0-5 cm, pero disminuyó las emisiones de CO en un 7.4%. En comparación con NS, SR aumentó notablemente los contenidos de SOC en la capa superficial del suelo en un 6.5% y en macroagregados en un 17.4% en la capa de suelo de 0-5 cm, y promovió las emisiones de CH (en un 22.3%) y CO (en un 22.4%). La combinación de NT y NS resultó en un SOC relativamente alto y bajas emisiones de CH junto con una alta abundancia de la comunidad bacteriana. El género más abundante bajo diferentes tratamientos fue , que impactó significativamente en el SOC y MBC. Comunidades bacterianas como Subdivisión3 tuvieron un mayor impacto en las emisiones de CH. El modelado de ecuaciones estructurales sugirió además que la comunidad bacteriana del suelo mediaba indirectamente el SOC a través del equilibrio del SOC en agregados de 1-2 mm y las emisiones de CH. Este estudio proporciona una nueva idea para revelar el mecanismo de la labranza a corto plazo y la devolución de paja en el SOC.