La pudrición por carbón, causada por , es una enfermedad importante de la soja que resulta en una pérdida significativa de rendimiento y mala calidad de las semillas. Actualmente, no hay cultivares de soja resistentes disponibles en el mercado y se desconocen los mecanismos de resistencia a la pudrición por carbón, aunque se cree que la enfermedad infecta las plantas desde el suelo infectado a través de las raíces por mecanismos mediadores de toxinas desconocidos. El objetivo de esta investigación fue investigar la asociación entre los azúcares de las semillas (sacarosa, rafinosa, estaquiosa, glucosa y fructosa) y su papel como biomarcadores en el mecanismo de defensa de la soja en los genotipos moderadamente resistentes (MR) y susceptibles (S) a la pudrición por carbón. Se cultivaron siete genotipos MR y seis genotipos S en condiciones de riego (IR) y no irrigadas (NIR). Se llevó a cabo un experimento de campo de dos años en 2012 y 2013 en Jackson, TN, EE. UU. Los principales hallazgos de esta investigación fueron que los genotipos MR generalmente tenían la capacidad de mantener niveles más altos de semillas de sacarosa, glucosa y fructosa que los genotipos S. Por el contrario, los genotipos susceptibles mostraron un nivel más alto de estaquiosa y niveles más bajos de sacarosa, glucosa y fructosa. Esto se observó en 6 de 7 genotipos MR y en 4 de 6 genotipos S en 2012; y en 5 de 7 genotipos MR y en 5 de 6 genotipos S en 2013. La respuesta de los genotipos S con niveles más altos de estaquiosa y menores de sacarosa, glucosa y fructosa, en comparación con los de los genotipos MR, puede indicar el posible papel de estos azúcares en un mecanismo de defensa contra la pudrición por carbón. También indica que las vías de nutrientes en los genotipos MR permitieron un mayor ingreso de azúcares nutritivos (sacarosa, glucosa y fructosa) que los genotipos S, sugiriendo estos azúcares como biomarcadores potenciales para seleccionar plantas de soja MR después de la cosecha. Esta investigación proporciona nuevos conocimientos sobre los azúcares de las semillas y ayuda a comprender el impacto de la pudrición por carbón en los azúcares de las semillas en genotipos moderadamente resistentes y susceptibles.