El arroz pigmentado, particularmente las variedades negra y roja, es popular debido a su mejor valor nutricional. Los antocianinas y proantocianidinas son dos subcategorías principales de flavonoides con amplias funciones fisiológicas y significancia terapéutica. Sin embargo, la deposición de pigmentos es un proceso complejo, y el mecanismo molecular involucrado sigue siendo desconocido. Esta revisión explora los metabolitos responsables de la pigmentación en varios tejidos del arroz. Además, se informan los desafíos actuales, las estrategias viables y las posibles direcciones futuras en la investigación del arroz pigmentado.