Los péptidos endógenos, particularmente aquellos con modificaciones post-traduccionales, están siendo cada vez más estudiados como biomarcadores para diagnosticar diversas enfermedades. Sin embargo, son débilmente ionizables, tienen una baja abundancia en muestras biológicas y pueden verse interferidos por altos niveles de proteínas, péptidos y otras impurezas macromoleculares, lo que resulta en un alto límite de detección y cantidades insuficientes de péptidos modificados post-traduccionalmente en muestras biológicas reales para ser examinadas. Por lo tanto, la separación y enriquecimiento son necesarios antes de analizar estos biomarcadores utilizando espectrometría de masas. Los materiales mesoporosos tienen poros ajustables regulares que pueden eliminar grandes proteínas e impurezas, y su gran área de superficie específica puede unir más péptidos objetivo, pero esto puede resultar en la pérdida parcial o destrucción de péptidos objetivo durante la separación centrífuga. Por otro lado, los materiales mesoporosos magnéticos pueden ser utilizados para separar el objetivo utilizando un campo magnético externo, lo que mejora la eficiencia de separación y el rendimiento. Los materiales mesoporosos magnéticos de núcleo y shell son ampliamente utilizados para la separación y enriquecimiento de péptidos debido a su biocompatibilidad, capacidad de enriquecimiento eficiente y excelente recuperabilidad. Este artículo proporciona una revisión de los últimos avances en materiales mesoporosos magnéticos de núcleo y shell para enriquecer glicopéptidos y fosfopéptidos y compara su rendimiento de enriquecimiento con diferentes tipos de métodos de funcionalización.