La soja es un cultivo de importancia global debido a su alto contenido de proteínas y aceite, que sirve como un recurso clave para la nutrición humana y animal, así como para la producción de bioenergía. Esta revisión evalúa los avances recientes en la mejora genética de la soja mediante un análisis exhaustivo de la literatura centrado en mejorar la resistencia a estreses bióticos y abióticos, mejorar los perfiles nutricionales y optimizar el rendimiento. También describimos el progreso en las técnicas de cría, incluyendo enfoques tradicionales, selección asistida por marcadores e innovaciones biotecnológicas como la ingeniería genética y la edición del genoma. El desarrollo de cultivares de soja transgénica a través de la transformación mediada por Agrobacterium y métodos biolísticos tiene como objetivo introducir características como resistencia a herbicidas, tolerancia a plagas y mejora de la composición del aceite. Sin embargo, persisten desafíos, particularmente en lo que respecta a la recalcitrancia del genotipo a la transformación, la regeneración de plantas y los obstáculos regulatorios. Además, examinamos cómo el germoplasma de soja silvestre y la poliploidia contribuyen a expandir la diversidad genética, así como la influencia de los procesos epigenéticos y el microbioma en la tolerancia al estrés. Estas innovaciones genéticas son cruciales para abordar la creciente demanda global de soja, al tiempo que se mitigan los efectos del cambio climático y los estresores ambientales. La integración de estrategias de cría molecular con prácticas agrícolas sostenibles ofrece un camino para desarrollar variedades de soja más resilientes y productivas, contribuyendo así a la seguridad alimentaria global y a la sostenibilidad agrícola.