La acuicultura es el sector de producción de alimentos de más rápido crecimiento, con una producción global de 122,6 millones de toneladas en 2020. No obstante, la producción de animales acuáticos puede verse obstaculizada por la aparición de enfermedades virales. Además, las condiciones de cultivo intensivo y el número creciente de especies de peces criados han aumentado el número de patógenos de animales acuáticos con los que los investigadores deben lidiar, lo que requiere el desarrollo rápido de nuevos métodos de detección y estudio para patógenos desconocidos. En este sentido, las herramientas moleculares han contribuido significativamente a investigar a fondo los componentes estructurales de los virus de los peces y proporcionar métodos de detección eficientes. Por ejemplo, la secuenciación de nueva generación ha sido crucial para la reasignación a la familia taxonómica correcta, los virus grandes de ADN nucleocitoplasmáticos de esturión, un grupo de virus históricamente conocido, pero erróneamente considerado como iridovirus. Métodos adicionales como la hibridación in situ permitieron objetivar el papel desempeñado por el patógeno en el determinismo de la enfermedad, como el herpesvirus de carpa 2, el herpesvirus de ostras 1 y los betanodavirus. A menudo, una combinación de técnicas moleculares es crucial para entender el papel viral, especialmente cuando el virus se detecta en una nueva especie de animal acuático. Con este artículo, los autores revisarán críticamente la literatura científica, tratando las técnicas moleculares empleadas hasta ahora para estudiar los patógenos virales más relevantes de peces y mariscos.