Los desarrollos tecnológicos y las mejoras en la aislamiento de células individuales y plataformas analíticas permiten un perfilado molecular avanzado a nivel de célula única, lo que revela la variación entre células dentro de las células de mezcla en sistemas biológicos o clínicos complejos. Esto ayuda a comprender la heterogeneidad celular de tejidos y órganos normales o enfermos. Sin embargo, la mayoría de los estudios se centraron en el análisis de ácidos nucleicos (por ejemplo, ADN y ARN) y el análisis basado en espectrometría de masas (EM) para proteínas y metabolitos de una sola célula se retrasó hasta hace poco. Sin duda, el análisis de células individuales basado en EM proporcionará una comprensión más profunda de los mecanismos celulares relacionados con la salud y la enfermedad. Esta revisión resume los avances recientes en los métodos de análisis de células individuales basados en EM y sus aplicaciones en biología y medicina.