Actualmente, el uso de disolventes alternativos está en aumento, a saber, líquidos iónicos (ILs) y disolventes eutécticos profundos (DESs) en diversos campos del conocimiento, como bioquímica, química, ingeniería química, biotecnología y biomedicina. En particular, en comparación con los disolventes tradicionales, estos disolventes alternativos tienen una gran importancia para las biomoléculas debido a la mayor solubilidad, estabilidad estructural y actividad biológica de biomoléculas, como proteínas y enzimas. Así, en este artículo de revisión, se presentan los desarrollos recientes y los esfuerzos en los avances tecnológicos realizados con ILs y DESs para la estabilización y activación de proteínas y enzimas. Se discuten las formulaciones basadas en IL y DES más estudiadas para proteínas y enzimas y se revelan los mecanismos moleculares e interacciones relacionadas con la mayor estabilidad promovida por estos disolventes alternativos, enfatizando sus principales ventajas.