El arsénico (As), un elemento tóxico, se distribuye ampliamente en el suelo y el agua de riego. El arroz (L.), alimento básico en el sur de China, presenta una mayor propensión a la absorción de As en comparación con otros cultivos. La contaminación por arsénico en los campos de arroz no solo perjudica el crecimiento del arroz, sino que también representa una grave amenaza para la seguridad alimentaria y la salud humana. Sin embargo, el mecanismo molecular subyacente a la respuesta a la toxicidad del As no se ha revelado completamente hasta ahora. El análisis del transcriptoma representa una herramienta poderosa para revelar los mecanismos que confieren la formación de fenotipos y se utiliza ampliamente en la mejora de cultivos. En consecuencia, esta revisión se centra en los avances recientes en el análisis del transcriptoma en el ámbito de la mejora del arroz con bajo contenido de As. Destaca particularmente las aplicaciones del análisis del transcriptoma en la identificación de genes responsables de la toxicidad del As, revelando módulos regulatorios de interacción genética y analizando las vías de biosíntesis de metabolitos secundarios. Además, se actualizan los mecanismos moleculares subyacentes a la tolerancia al As en el arroz y se resumen los resultados recientes en la mejora del arroz con bajo contenido de As. Finalmente, se deliberan los desafíos asociados con la aplicación del análisis del transcriptoma a la mejora del arroz con bajo contenido de As y se vislumbran futuras direcciones de investigación, con el objetivo de proporcionar referencias para acelerar la mejora del arroz de alto rendimiento y bajo contenido de arsénico.