Para lograr una agricultura ecológica y sostenible deseable es imperativo comprender a fondo el micobioma planta-suelo. La agricultura industrial comercial altera las emisiones de gases de efecto invernadero, promueve la pérdida de biodiversidad de plantas y suelos, aumenta la contaminación al elevar el CO atmosférico y libera pesticidas, afectando así a los ecosistemas terrestres y acuáticos. Los sistemas agrícolas diversificados, que incluyen pastizales cultivados perennes, se encuentran entre las estrategias mundiales que buscan reducir las emisiones terrestres de gases de efecto invernadero y hacer frente a las amenazas a la sostenibilidad global. Además, la estimulación de microbios del suelo y una gestión adecuada del suelo pueden influir en las interacciones del suelo, así como en las tasas de descomposición de la materia orgánica y la liberación de gases. Las comunidades microbianas del suelo agrícola desempeñan un papel central en los procesos del ecosistema y se ven afectadas por agentes de biocontrol, biofertilizantes y la exposición a pesticidas, cuyo alcance aún no se ha elucidado completamente. El cultivo intercalado de diferentes especies de plantas es beneficioso, ya que puede aumentar la fijación de carbono por las plantas, transfiriendo carbono al suelo, especialmente a través de las micorrizas, modificando así las interacciones entre plantas. Esta revisión se centra en los agroecosistemas, mostrando los últimos avances en la interfaz planta-suelo (el micobioma) para una producción agrícola ecoeficiente.