Las estimaciones de población precisas y exactas son la base de la acción de conservación, pero faltan para muchas especies arbóreas debido a los altos costos y la dificultad para realizar censos de estas especies. Recientemente, los investigadores han comenzado a utilizar drones para obtener datos sobre la distribución y densidad de los animales. En este estudio, comparamos los conteos en tierra y los conteos con drones para monos araña (Ateles geoffroyi) en sus sitios de descanso utilizando un dron construido a medida equipado con una cámara térmica infrarroja (TIR). Demostramos que un dron con una cámara TIR puede ser utilizado con éxito para determinar la presencia y contar el número de monos araña en un área boscosa. Utilizando un análisis de concordancia, encontramos una alta coincidencia entre los conteos en tierra y los conteos con drones para subgrupos pequeños de monos (<10 individuos), lo que indica que los métodos no difieren al censar subgrupos pequeños. Sin embargo, encontramos baja coincidencia entre los métodos para subgrupos más grandes (>10 individuos), con los conteos de drones siendo más altos que los conteos en tierra correspondientes en el 83% de las encuestas. Pudimos identificar individuos adicionales a partir de las grabaciones de drones TIR debido a una mayor área cubierta en comparación con las encuestas en tierra. Recomendamos utilizar drones TIR para encuestas de sitios de descanso de monos araña y discutimos los desafíos actuales para su implementación.