El éxito de la variedad subraya la necesidad crítica de gestionar la conservación, utilización y mejora genética de clones. Al combinar datos genómicos y ambientales, los criadores pueden predecir mejor el rendimiento de las variedades, mejorando así la eficiencia de la cría y permitiendo un desarrollo más específico de cultivares de vid de alta calidad. En este estudio, se analizaron 35 clones, incluidos clones seleccionados y certificados que han sido propagados durante varios años en Apulia. La variabilidad genética entre los clones se evaluó mediante genotipificación por secuenciación. Utilizando 38,387 SNPs filtrados, el análisis de identidad por estado (IBS) demostró la singularidad de los 35 clones (IBS < 0.75), indicando un alto grado de variabilidad entre las muestras. El análisis de diversidad genética reveló tres grupos principales, que se diferenciaron según el origen geográfico. Los clones de Gioia del Colle se agruparon en dos clústeres distintos, lo que se alinea con la variación observada en rasgos relacionados con la uva. El índice de fijación (> 0.50) identificó numerosos loci supuestamente asociados con respuestas al estrés y rasgos de desarrollo, incluidos genes involucrados en procesos biológicos clave de las plantas, regulación de la respuesta al estrés y adaptación a condiciones ambientales como receptores de glutamato, auxina y señalización de etileno.