Los datos proporcionados en este artículo son fragmentos parciales de las secuencias del gen mitocondrial de la subunidad 1 de la citocromo c oxidasa (CO1) de 175 tejidos muestreados de tiburones y batoides recolectados en aguas malasias, desde junio de 2015 hasta junio de 2022. La codificación se realizó de manera aleatoria para seis especímenes de cada especie, con el fin de autenticar el código. Generamos códigos de barras para 67 especies diferentes en 20 familias y 11 órdenes. El ADN se extrajo de las muestras de tejido siguiendo los protocolos de Chelex y se amplificó mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR) utilizando los cebadores universales de codificación FishF2 y FishR2. Se secuenciaron y analizaron un total de 654 pares de bases (pb) del gen de código de barras CO1 de 175 muestras. Las secuencias genéticas se buscaron en el GenBank de NCBI y en el Sistema de Datos del Código de Vida (BOLD). Una revisión de la búsqueda de blast confirmó que había 68 especies válidas de tiburones y batoides que ocurrían en aguas malasias. Proporcionamos los datos de los árboles filogenéticos de relación de raíz en el punto medio del gen COI y analizamos las distancias genéticas entre infra-clase y orden, intra-especie, inter-específica, inter-género, inter-familiar e inter-orden. Confirmamos la adición de , , y como nuevos registros para Malasia. El establecimiento de una base de datos completa de CO1 para tiburones y batoides ayudará a facilitar el monitoreo y la evaluación rápida de las pesquerías de elasmobranquios utilizando métodos de ADN ambiental.