La medición de la temperatura rectal es laboriosa e induce estrés en las ovejas, lo que puede comprometer tanto la precisión de la medición como el bienestar animal. La termografía infrarroja (IRT) ofrece una alternativa sin contacto con adquisición de imágenes rápida y mínima perturbación. Sin embargo, la mayoría de las investigaciones existentes se centran en el análisis de temperatura en un solo punto y a menudo pasan por alto el potencial diagnóstico de las diferencias entre las temperaturas de los ojos izquierdo y derecho bajo diversas condiciones fisiológicas y ambientales. Este estudio integra el aprendizaje profundo con IRT para detectar las regiones de los ojos izquierdo y derecho de las ovejas y extraer características de temperatura. Se desarrolló un modelo ligero optimizado (E-S-YOLO11n), que muestra alta precisión y velocidad de detección rápida en dispositivos de bajo consumo. Las temperaturas de los dos ojos están fuertemente correlacionadas, pero ninguna muestra una correlación significativa con la temperatura rectal, que es consistentemente más alta. Esto sugiere que la temperatura ocular está influenciada por factores ambientales locales y puede no ser un sustituto confiable de la temperatura rectal. Estos hallazgos ofrecen soluciones prácticas para la ganadería de precisión y apoyan una gestión científica más efectiva del ganado.