La automatización de laboratorios es actualmente el principal desafío organizativo para los microbiólogos. Automatizar flujos de trabajo clásicos es un proceso arduo para el personal de laboratorio y una inversión financiera enorme y duradera. Las inversiones se ven recompensadas con aumentos en la calidad y tiempos de informe más cortos. Sin embargo, los beneficios para un laboratorio individual solo se pueden estimar después de la implementación y dependiendo de los flujos de trabajo clásicos actualmente realizados. Los dos componentes principales de la automatización son el hardware y el flujo de trabajo. Esta revisión se centra en los aspectos del flujo de trabajo de la automatización y describe algunos de los principales avances durante los últimos años. Además, intenta definir algunos términos relacionados con la automatización y especifica algunos desarrollos que mejorarían aún más los sistemas automatizados.