Las variedades de arroz con alto contenido de antocianinas son a menudo reconocidas por sus colores vibrantes y beneficios para la salud. La demanda de arroz con alto contenido de antocianinas está aumentando tanto a nivel nacional como internacional debido a que los consumidores son cada vez más conscientes de la salud. Sin embargo, el aumento actual en el rendimiento podría no elevar el contenido de antocianinas debido a su ubicación en el pericarpio del grano y la cubierta de la semilla, que son relativas al área de superficie del grano. Este estudio tiene como objetivo desarrollar líneas de arroz para aumentar el rendimiento de antocianinas por área de producción mejorando variedades de arroz con granos pequeños, negros y tres granos por espiguilla. En consecuencia, se criaron seis líneas recombinantes de retrocruzamiento (RILs) cruzando Niaw Dam Chaw Mai Pai 49 (NDCMP49) con Khao Nok (LLR059). Se seleccionaron el color del grano, el tamaño y el número de granos por espiguilla de la población F a la población F mediante el método de selección por pedigrí. Se asignaron seis RILs y sus padres en un diseño de bloques completos al azar (RCBD) con tres repeticiones bajo condiciones de campo durante la temporada de lluvias de 2021 y 2022 en cuatro ubicaciones. Los resultados mostraron diferencias estadísticamente significativas en las condiciones ambientales, afectando la productividad y los componentes de rendimiento de las líneas de arroz. En consecuencia, las líneas de arroz se adaptaron a un entorno específico, y hubo diferencias significativas en el genotipo. Este estudio identificó tres RILs con un mejor rendimiento (13-1 (3842 kg/ha), 374-1 (3699 kg/ha) y 903-3 (3550 kg/ha)) en comparación con el padre NDCMP49 (1996 kg/ha). Sin embargo, los rendimientos de grano fueron inestables en los tres RILs de mayor rendimiento debido a las condiciones ambientales variables, lo que indica que la cría selectiva requiere un entorno específico y estrecho. Basado en el rendimiento de grano y el tamaño del grano, los RILs se desempeñaron mejor en el área de superficie del grano que en el padre NDCMP49. Además, solo dos RILs (374-1 y 903-3) produjeron el contenido y rendimiento de antocianinas más altos, aunque esto fue inferior al del padre NDCMP49. Sin embargo, los RILs 374-1 y 903-3 produjeron más granos, granos negros y tres granos por espiguilla con alto rendimiento y contenido moderado de antocianinas. Por lo tanto, pueden ser retrocruzados con el padre NDCMP49 para aumentar el contenido acumulado de antocianinas con un rendimiento alto y estable. Este trabajo proporciona un recurso de granos pequeños, granos negros y tres granos por espiguilla en la línea de cría de arroz para programas de cría en el futuro.