Brasil es el mayor productor de café del mundo y se han aplicado diferentes sistemas de manejo de plantaciones para mejorar la sostenibilidad y la calidad del suelo. Se conoce poco sobre los efectos ambientales de estos diferentes sistemas de manejo; por lo tanto, el objetivo de este estudio fue utilizar los parámetros biológicos del suelo como indicadores de cambios. Se muestrearon suelos de plantaciones del sureste de Brasil con sistemas de manejo convencional (CC), orgánico (OC) e integrado que incluían cultivos intercalados de Brachiaria decumbens (IB) o Arachis pintoi (IA). Se evaluó el carbono orgánico total (COT), el carbono y nitrógeno de la biomasa microbiana (CBM) y la biomasa nitrogenada (NMB), la actividad microbiana (C-CO₂), el cociente metabólico (qCO₂), las enzimas deshidrogenasa, ureasa, fosfatasa ácida y arilsulfatasa, la colonización por hongos micorrízicos arbusculares (HMA) y el número de esporas y la fauna edáfica. La mayor diferencia entre los sistemas de manejo se observó en el contenido de materia orgánica del suelo. La mayor cantidad de COT se encontró en el OC, y la menor en el IA. El contenido de COT influyó en los parámetros biológicos del suelo. El uso de todos los atributos combinados fue necesario para distinguir los cuatro sistemas. Cada manejo presentó una estructura faunística distinta, y los datos obtenidos con el método de trampas fueron más confiables que el método TSBF (suelos tropicales). Un análisis de correlación canónica mostró que los isópodos se correlacionaron con el COT y el orden más abundante con el OC. Isoptera fue el orden faunístico más abundante en IA y se correlacionó con el CBM. En general, el OC presentó valores más altos en la mayoría de las mediciones biológicas y mayores poblaciones de oligoquetos e isópodos, lo que corrobora el concepto de que el OC es un sistema más sostenible.