El viroide del tubérculo en huso de la papa (PSTVd) es un ARN circular pequeño infeccioso no codificante que causa enfermedades en cultivos importantes, incluidos el tomate y la papa. Los síntomas varían de leves a graves dependiendo de la cepa del viroide, la variedad de la planta huésped y las condiciones ambientales. Los mecanismos moleculares que subyacen al desarrollo de fenotipos de enfermedad particulares siguen siendo desconocidos. La cepa NicTr-3 de PSTVd causa síntomas graves de enfermedad en Solanum lycopersicum cv. Rutgers y Solanum tuberosum cv. Colomba. Se descubrió que después de tres ciclos de propagación en tomate cv. Rutgers, la infección de papa cv. Colomba con NicTr-3 resultó en síntomas muy leves, incluido un tamaño más pequeño de los tubérculos y una senescencia foliar retardada. El análisis de secuencia de clones de PSTVd aislados del inóculo de tomate reveló la presencia de variantes mutadas del ARN genómico. El análisis del transcriptoma realizado en hojas mostró una diferencia considerable entre plantas infectadas y sanas a los 14 y 30 días después de la infección. Curiosamente, la respuesta de las plantas de papa a la cepa atenuada de PSTVd reveló un gran número de DEGs asociados con el inicio de la dormancia con un aumento considerable en el período de vegetación. La segunda generación vegetativa (plantines derivados de tubérculos de plantas sanas control y plantas infectadas con PSTVd) se caracterizó por fenotipos y transcriptomas similares. Así, aquí describimos un caso de atenuación de una cepa grave de PSTVd después de una propagación continua en tomate. Sería de interés considerar las cepas atenuadas de viroides como un posible agente de biocontrol o vacuna contra este tipo de ARN patógeno.