Huanglongbing (HLB) es una enfermedad cítrica severa en todo el mundo. Las limas australianas silvestres como , , y poseen rasgos beneficiosos de resistencia al HLB. Se utilizaron extensivamente árboles individuales de los tres taxones en un programa de cría durante más de una década para introgresar rasgos de resistencia en germoplasma cítrico de calidad comercial. Generamos ensamblajes de genoma de alta calidad, en fase y de novo de las tres limas australianas utilizando secuenciación de lectura larga PacBio. Se determinaron los tamaños de ensamblaje del genoma de los haplotipos primario y alternativo para (337 Mb/335 Mb), (304 Mb/299 Mb) y (376 Mb/379 Mb). Los nueve andamiajes a escala cromosómica incluyeron el 86-91% de las secuencias del genoma generadas. La integridad y completitud de los genomas ensamblados se estimaron en un 97.2-98.8%. Los estudios de anotación de genes identificaron 25,461 genes en , 27,665 en , y 30,067 en . Los genes pertenecientes a 118 ortogrupos fueron específicos de los genomas de lima australiana en comparación con otros genomas cítricos analizados. Se encontraron significativamente menos genes de resistencia canónica () en y (319 y 449, respectivamente) en comparación con (576), (579) y (651). Se observaron patrones similares para otras familias de genes asociados con la posible resistencia al HLB, incluidos los genes de proteína del floema 2 () y los genes de sintasa de calosa () predichos en los genomas de lima australiana. La información genómica sobre las limas australianas desarrollada en el presente estudio ayudará a comprender la base genética de la resistencia al HLB.