La malaria aviar y los parásitos haemosporidios relacionados son responsables de la pérdida de aptitud y la mortalidad en especies de aves susceptibles. Este grupo de parásitos distribuidos globalmente ha sido utilizado durante mucho tiempo como un sistema clásico para investigar las asociaciones entre hospedadores y parásitos. La asociación entre un parásito y sus hospedadores se puede evaluar mediante la prevalencia en la población de hospedadores y la intensidad de la infección en un individuo hospedador, que, respectivamente, reflejan la capacidad del parásito para infectar al hospedador y reproducirse dentro de él. Sin embargo, este último aspecto ha sido poco investigado durante mucho tiempo debido a numerosos desafíos, como la falta de marcadores moleculares generales y la sensibilidad limitada de los métodos tradicionales, especialmente al analizar aves infectadas de forma natural. El reciente desarrollo de bases de datos genéticas, junto con nuevas metodologías moleculares, ha arrojado luz sobre este problema de larga data. La PCR cuantitativa en tiempo real ha permitido una cuantificación más precisa de los parásitos haemosporidios aviares, y la PCR de gota digital ha mejorado aún más la sensibilidad experimental y la repetibilidad de la cuantificación. En las últimas décadas, se han llevado a cabo estudios paralelos en todo el mundo, proporcionando grandes oportunidades para explorar la adaptación de los parásitos haemosporidios a diferentes hospedadores y las variaciones a través del tiempo y el espacio, así como para investigar más a fondo la historia coevolutiva entre los parásitos y sus hospedadores. Por la presente, reviso los hitos más importantes en las técnicas de diagnóstico de parásitos haemosporidios aviares e ilustro cómo proporcionan nuevas perspectivas para entender las asociaciones entre hospedadores y parásitos.