Las cuerdas de sutura son un rasgo pod importante que determina la calidad y textura de los frijoles snap (L.). El locus St en el cromosoma 2 ha sido descrito como un locus principal asociado con las cuerdas de sutura. Sin embargo, el gen y la base genética subyacente a este locus siguen siendo desconocidos. Aquí, investigamos las cuerdas de sutura de 138 accesiones de frijol snap a lo largo de dos años. Se obtuvieron un total de 3.66 millones de polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) mediante resecuenciación profunda. Basándonos en estos SNPs, identificamos una señal de asociación fuerte en Chr02 y un gen candidato prometedor. Un análisis adicional reveló que la deleción de 2 pb en el exón estaba significativamente asociada con la ausencia de cuerdas. El mapeo comparativo indicó que era un locus domesticado y se había divergido de durante una etapa temprana. Nuestro estudio proporciona información importante sobre el mecanismo genético de formación de cuerdas de sutura y datos útiles para la mejora del frijol snap.