La enteropatía inflamatoria crónica (EIC) y el linfoma intestinal de células T de bajo grado (LICTBG) son enteropatías crónicas comunes en los gatos. La disbiosis de la microbiota intestinal está implicada en la patogénesis de las enteropatías; sin embargo, los mecanismos de las interacciones huésped-microbioma son poco comprendidos en los gatos. Los catabolitos microbianos de indol del triptófano (CMIT) son catabolitos bacterianos intestinales del triptófano que se hipotetiza que regulan la inflamación intestinal y la función de la barrera mucosa. Los CMIT se encuentran disminuidos en el suero de humanos con enfermedad inflamatoria intestinal y estudios previos identificaron un metabolismo alterado del triptófano en gatos con EIC. Buscamos determinar si los CMIT estaban disminuidos en gatos con EIC utilizando muestras de suero archivadas de gatos con EIC (= 44) o LICTBG (= 31) y controles sanos (= 26). Se utilizó LC-MS/MS cuantitativa para medir las concentraciones séricas de triptófano, sus catabolitos endógenos (quinurenina, quinurenato, serotonina) y CMIT (indolpiruvato, indolaldehído, indolacrilato, indolacetamida, indolacetato, indolilactato, indolpropionato, triptamina). Las concentraciones séricas de triptófano, indolpropionato, indolacrilato, indolaldehído, indolpiruvato e indolilactato se encontraron significativamente disminuidas en los grupos de EIC y LICTBG en comparación con los controles sanos. Las concentraciones de indolilactato fueron significativamente más bajas en gatos con LICTBG en comparación con EIC (= 0.006). Se detectaron correlaciones significativas entre los CMIT séricos y la cobalamina, el folato, fPLI y fTLI. Nuestros hallazgos sugieren que los CMIT son biomarcadores prometedores para investigar el papel de las bacterias intestinales en la patobiología de las enteropatías crónicas en gatos.