Considerando el papel del fitoplancton en el funcionamiento y la salud de los sistemas marinos, es importante caracterizar sus respuestas a un entorno cambiante. El mar Adriático central, como un área generalmente oligotrófica, es un entorno adecuado para distinguir entre las fluctuaciones regulares en el fitoplancton y aquellas causadas por influencias antropogénicas o climáticas. Este estudio proporciona una perspectiva a largo plazo del ensamblaje de fitoplancton en el mar Adriático central oriental, con 14 años de datos de series temporales continuas recopilados en dos estaciones costeras y dos estaciones en alta mar. Los grupos de fitoplancton predominantes fueron las diatomeas y los fitoflagelados, pero su proporción varió dependiendo de la proximidad a la costa, como también lo evidencia la distribución de clorofila. En el entorno costero, la biomasa de fitoplancton fue sustancialmente mayor, con una mayor proporción de microfitoplancton, mientras que el fitoplancton pequeño representó la mayor parte de la biomasa en el área de alta mar. Además, se observó una tendencia a la disminución en la abundancia de diatomeas en las aguas costeras, mientras que tal tendencia no fue tan evidente en el área de alta mar. Utilizando un algoritmo de gas neural, se definieron cinco clústeres basados en la contribución de los grupos principales. El aumento observado en la diversidad, especialmente en dinoflagelados, que superan en número a los taxones de diatomeas, podría ser una posible adaptación de los dinoflagelados a la mayor radiación solar natural en verano y al aumento de la temperatura de la superficie del mar.