Las plantas moldean significativamente la microbiota asociada a las raíces, lo que hace que los microbios de la rizosfera sean organismos indicadores ambientales útiles para la evaluación de seguridad. Aquí, informamos sobre la pirosecuenciación del ARN ribosomal bacteriano 16S en muestras de suelo de rizosfera recolectadas de arroz transgénico Huahui No. 1 (cultivo GM) y su contraparte parental, Minghui63. Identificamos un total de 2579 unidades taxonómicas operativas bacterianas (OTUs) cuantificables. Se identificaron muchas OTUs microbianas enriquecidas por el tratamiento, incluyendo 14 OTUs enriquecidas en NoGM y 10 OTUs enriquecidas en GM. Las OTUs pertenecientes a los filos Proteobacteria, Actinobacteria, Acidobacteria, Firmicutes, Nitrospirae, Chlorobi y GN04 se identificaron como estadísticamente diferentes en abundancia entre GM y los otros dos tratamientos. En comparación con los diferentes impactos de las diferentes variedades de arroz en la microbiota, el impacto de la siembra de arroz en la microbiota es más obvio. Además, el arroz transgénico Huahui No. 1 tuvo un mayor impacto en las comunidades bacterianas de la rizosfera que Minghui63. Las etapas de desarrollo temprano del arroz transgénico tuvieron un impacto significativo en muchas comunidades de Bacillaceae. Las propiedades químicas del suelo no se alteraron significativamente por la presencia de arroz transgénico. El nivel de concentración máxima de productos proteicos se detectó durante la etapa de plántula del arroz transgénico, lo que puede ser un factor intrigante para las variaciones en la diversidad bacteriana. Con base en estos hallazgos, concluimos que el arroz transgénico tiene un impacto significativo en las bacterias asociadas a las raíces. Esta información puede ser aprovechada en futuras evaluaciones de seguridad ambiental de variedades de arroz transgénico.