El arroz es un cultivo básico en el África subsahariana, y se produce principalmente a partir de cultivares asiáticos que fueron introducidos en el continente alrededor del siglo XV o XVI. El arroz africano nativo también se ha sembrado debido a sus valiosas características de tolerancia a insectos y sequías. Debido a la competencia y la evolución de la resistencia, el arroz silvestre ha evolucionado, lo que representa una amenaza creciente para la producción de arroz. Este documento proporciona una visión general del conocimiento actual sobre la introducción y la historia de domesticación del arroz cultivado en África, así como las propiedades genéticas del arroz silvestre africano que invade los campos de arroz. Los desarrollos recientes en la secuenciación del genoma han hecho posible descubrir hallazgos sobre la estructura poblacional de este arroz, los genes de resistencia al estrés y el cuello de botella de domesticación. La investigación genómica futura sobre el arroz en África debería priorizar la producción de más genomas de referencia de alta calidad, cuantificar el impacto de la hibridación entre cultivos y silvestres, elucidar los mecanismos de adaptación de las malas hierbas a través de la resecuenciación y establecer una conexión entre la variación genómica y los fenotipos de tolerancia al estrés para acelerar los esfuerzos de mejora.