La investigación en genómica presenta desafíos técnicos, computacionales y analíticos que son bien reconocidos. Menos reconocidos son los complejos desafíos sociológicos, psicológicos, culturales y políticos que surgen cuando la investigación en genómica se lleva a cabo dentro de una gran institución académica descentralizada. En este documento, describimos una Arquitectura Orientada a Servicios (SOA)-MaPSeq-que fue conceptualizada y diseñada para satisfacer las diversas y cambiantes necesidades de flujo de trabajo computacional de los investigadores en genómica en nuestra gran institución de investigación académica afiliada a un hospital. Presentamos los desafíos institucionales que motivaron el diseño de MaPSeq antes de describir la arquitectura y funcionalidad de MaPSeq. Luego discutimos soluciones SOA y concluimos que enfoques como MaPSeq permiten una ejecución eficiente y efectiva de flujos de trabajo computacionales para la investigación en genómica y para cualquier tipo de investigación biomédica académica que requiera flujos de trabajo complejos y computacionalmente intensivos.