Los ARN largos no codificantes (lncARN) son moléculas de ARN más largas de 200 nt, que carecen de la capacidad de codificar proteínas y están involucradas en diversos procesos de crecimiento, desarrollo y regulación en plantas y mamíferos. Sin embargo, los perfiles de expresión regulados por el medio ambiente de los lncARN que pueden estar asociados con su adaptación en la meseta Qinghai-Xizang (Tíbet) nunca han sido caracterizados. Aquí, utilizamos datos de secuenciación transcriptómica de dos especies para identificar 1624 lncARN, incluyendo 1119 lncARN intergénicos, 200 lncARN antisentido, cinco lncARN intrónicos y 300 lncARN sentido. Además, las relaciones evolutivas de los lncARN mostraron una conservación de secuencia limitada entre 39 especies, lo que implica que los lncARN específicos de cada especie contribuyen a la evolución de la adaptación a la especiación. Además, considerando el mecanismo de regulación, de 286 lncARN diferencialmente expresados (DElncARN) y sus genes codificadores de proteínas (PCG) cercanos entre las dos especies, se obtuvieron 128 pares lncARN-PCG en una especie, mientras que se obtuvieron 92 pares lncARN-PCG en la otra. Además, se encontraron un total de 19 pares lncARN-PCG en una especie y 14 pares lncARN-PCG en la otra que participan en diferentes procesos biológicos, lo que indica que los diferentes perfiles de expresión de los DElncARN entre las dos especies estaban asociados con su adaptación a diferentes elevaciones en la meseta QTP. También encontramos varios pares de DElncARN cercanos a factores de transcripción (TF), lo que indica que estos DElncARN regulan la expresión de los TF para ayudar en la adaptación al medio ambiente. Por lo tanto, este trabajo identificó sistemáticamente una serie de lncARN en una especie, sentando las bases para una exploración más profunda de la función biológica de los lncARN en la adaptación ambiental.