La firma de ARN largo no codificante relacionado con la inmunoautofagia (IAR-lncRNA) predice la supervivencia en el carcinoma hepatocelular
Autores: Wang, Yulu; Ge, Fangfang; Sharma, Amit; Rudan, Oliver; Setiawan, Maria F.; Gonzalez-Carmona, Maria A.; Kornek, Miroslaw T.; Strassburg, Christian P.; Schmid, Matthias; Schmidt-Wolf, Ingo G. H.
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
2021
La firma de ARN largo no codificante relacionado con la inmunoautofagia (IAR-lncRNA) predice la supervivencia en el carcinoma hepatocelular
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Inmuno
Autofagia
Carcinoma hepatocelular
LncARNs
Firma
Pronóstico
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 17
Citaciones: Sin citaciones
Antecedentes: La disfunción de la autofagia y los procesos inmunológicos se ha relacionado con diversas condiciones patofisiológicas, incluido el cáncer. Más notablemente, su participación particular en el carcinoma hepatocelular (CHC) se está volviendo cada vez más evidente. Esto ha llevado a la posibilidad de desarrollar una firma pronóstica basada en genes relacionados con la inmuno-autofagia (IAR). Dado que los ARN largos no codificantes (lncARN) también juegan un papel especial en el CHC, una firma combinada que utilice genes IAR y lncARN asociados al CHC (como IARlncRNA) podría ayudar potencialmente en el escenario clínico. Método: Utilizamos análisis de correlación de Pearson, curvas de supervivencia de Kaplan-Meier, regresión de Cox univariada y multivariada, y curvas ROC para generar y validar una firma pronóstica de ARN largo no codificante relacionado con la inmuno-autofagia (IARlncRNA). Se utilizó la prueba de Chi-cuadrado para investigar la correlación entre la firma obtenida y las características clínicas. Se aplicaron algoritmos de CIBERSORT y la prueba de suma de rangos de Wilcoxon para investigar la correlación entre la firma y las células inmunitarias infiltrantes. Se realizaron análisis de GO y KEGG para derivar las vías dependientes de la firma. Resultados: Aquí, construimos una firma IAR-lncRNA (como la primera en la literatura) y demostramos su capacidad pronóstica en el carcinoma hepatocelular. Principalmente, identificamos tres IARlncRNAs (MIR210HG, AC099850.3 y CYTOR) como determinantes pronósticos desfavorables. La firma obtenida predijo el grupo de alto riesgo de CHC con una supervivencia general más corta y se asoció además con características clínicas como el grado del tumor (t = 10.918, p = 0.001). Además, varias células inmunitarias infiltrantes mostraron fracciones variadas entre el grupo de bajo riesgo y los grupos de alto riesgo de CHC en asociación con la firma obtenida. Además, el análisis de vías descrito por la firma distingue claramente ambos grupos de riesgo en el CHC. Conclusiones: La firma de ARN largo no codificante relacionado con la inmuno-autofagia (IARlncRNA) que establecimos exhibe una capacidad pronóstica en el carcinoma hepatocelular. Hasta donde sabemos, este es el primer intento en la literatura de combinar tres determinantes (inmunidad, autofagia y lncARN), lo que requiere una validación molecular de esta firma obtenida en muestras clínicas.
Descripción
Antecedentes: La disfunción de la autofagia y los procesos inmunológicos se ha relacionado con diversas condiciones patofisiológicas, incluido el cáncer. Más notablemente, su participación particular en el carcinoma hepatocelular (CHC) se está volviendo cada vez más evidente. Esto ha llevado a la posibilidad de desarrollar una firma pronóstica basada en genes relacionados con la inmuno-autofagia (IAR). Dado que los ARN largos no codificantes (lncARN) también juegan un papel especial en el CHC, una firma combinada que utilice genes IAR y lncARN asociados al CHC (como IARlncRNA) podría ayudar potencialmente en el escenario clínico. Método: Utilizamos análisis de correlación de Pearson, curvas de supervivencia de Kaplan-Meier, regresión de Cox univariada y multivariada, y curvas ROC para generar y validar una firma pronóstica de ARN largo no codificante relacionado con la inmuno-autofagia (IARlncRNA). Se utilizó la prueba de Chi-cuadrado para investigar la correlación entre la firma obtenida y las características clínicas. Se aplicaron algoritmos de CIBERSORT y la prueba de suma de rangos de Wilcoxon para investigar la correlación entre la firma y las células inmunitarias infiltrantes. Se realizaron análisis de GO y KEGG para derivar las vías dependientes de la firma. Resultados: Aquí, construimos una firma IAR-lncRNA (como la primera en la literatura) y demostramos su capacidad pronóstica en el carcinoma hepatocelular. Principalmente, identificamos tres IARlncRNAs (MIR210HG, AC099850.3 y CYTOR) como determinantes pronósticos desfavorables. La firma obtenida predijo el grupo de alto riesgo de CHC con una supervivencia general más corta y se asoció además con características clínicas como el grado del tumor (t = 10.918, p = 0.001). Además, varias células inmunitarias infiltrantes mostraron fracciones variadas entre el grupo de bajo riesgo y los grupos de alto riesgo de CHC en asociación con la firma obtenida. Además, el análisis de vías descrito por la firma distingue claramente ambos grupos de riesgo en el CHC. Conclusiones: La firma de ARN largo no codificante relacionado con la inmuno-autofagia (IARlncRNA) que establecimos exhibe una capacidad pronóstica en el carcinoma hepatocelular. Hasta donde sabemos, este es el primer intento en la literatura de combinar tres determinantes (inmunidad, autofagia y lncARN), lo que requiere una validación molecular de esta firma obtenida en muestras clínicas.