Los ARN circulares (circARN) son un tipo específico de ARN no codificante, y algunos tienen roles definidos en procesos celulares y biológicos. Sin embargo, se sabe poco sobre el papel de los circARN en el desarrollo folicular en ovejas con mutaciones FecB (fecundidad Booroola). Aquí, se investigaron los perfiles de expresión de circARN utilizando secuenciación de ARN (RNA-seq) en la fase folicular (F) y la fase lútea (L) de ovejas Small Tail Han homocigotas mutantes FecB (BB) y de tipo salvaje (WW). Se identificaron un total de 38,979 circARN, y 314, 343, 336 y 296 de ellos se expresaron diferencialmente (DE) entre BB_F y BB_L, WW_F y WW_L, BB_F y WW_F, y BB_L y WW_L, respectivamente. Se determinó la longitud, tipo y distribución cromosómica de los circARN y la característica de expresión entre los circARN y sus genes anfitriones en el hipotálamo de las ovejas. El análisis de enriquecimiento mostró que los genes anfitriones de los circARN DE en las fases folicular y lútea estaban anotados a MAPK, uniones gap, maduración de ovocitos mediada por progesterona, meiosis de ovocitos y otras vías de señalización relacionadas con hormonas, y los diferentes genotipos FecB estaban anotados a las uniones gap, sincronización circadiana, MAPK y otras vías de señalización relacionadas con hormonas. La predicción de la red de ARN endógenos competidores reveló que los 129 miARN objetivo podrían unirse a 336 circARN DE. oar_circ_0000523 y oar_circ_0028984, que se expresaron específicamente durante la fase folicular en las ovejas del genotipo BB, probablemente actuaron como esponjas de miARN involucradas en la regulación de la síntesis y secreción de LH. Este estudio revela los perfiles de expresión y la caracterización de circARN en dos fases del desarrollo folicular considerando diferentes genotipos FecB, proporcionando así una mejor comprensión de los roles de los circARN en el hipotálamo de las ovejas y su participación en el desarrollo folicular y la ovulación.