Las áreas protegidas (AP) son consideradas por algunos como contribuyentes al bienestar local y al desarrollo socioeconómico, mientras que para otros, las AP siguen siendo una carga regulatoria que obstaculiza el desarrollo rural. Aquí, buscamos determinar las causas percibidas de la despoblación rural y el impacto potencial de cuatro sitios de Natura 2000 en el bienestar y las cifras de despoblación de cuatro municipios rurales protegidos en España que fueron seleccionados como estudios de caso extremos. Utilizamos encuestas telefónicas para obtener las opiniones de expertos (n = 19) sobre el tema y convocamos ocho talleres presenciales para recoger las opiniones de los residentes locales (n = 40) utilizando cuestionarios estructurados. Complementamos los datos de bienestar percibido de las AP con encuestas a residentes de municipios vecinos no protegidos (n = 28). Tanto los expertos como los asistentes a los talleres de los municipios protegidos atribuyeron abrumadoramente las cifras de despoblación a causas estructurales vinculadas a la accesibilidad del transporte, la provisión de servicios básicos y la existencia de oportunidades laborales, que percibieron como no relacionadas con las regulaciones o la gestión de las AP. Los residentes locales generalmente no percibieron ningún impacto en su bienestar colectivo o individual por parte de esas AP, y la mayoría de los que sí lo hicieron, expresaron un impacto negativo principalmente debido a restricciones socioeconómicas. Sin embargo, cuatro quintas partes de los expertos y la mitad de los asistentes a los talleres de los municipios protegidos expresaron que las administraciones de las AP podrían ayudar a mejorar las cifras de despoblación en sus pueblos principalmente promoviendo el turismo y una mayor compatibilidad de los usos del suelo, incluyendo el desarrollo de viviendas e infraestructuras. Si bien los sitios de Natura 2000 evaluados ciertamente tienen margen para la promoción del turismo, sus regímenes legales flexibles hacen que sea en gran medida inviable ampliar la compatibilidad de los usos del suelo sin dañar las características protegidas.