Los prados de encina ibérica son ecosistemas tipo sabana que resultan de prácticas silvopastorales tradicionales. Sin embargo, tales usos tradicionales están disminuyendo, lo que provoca cambios en la estructura típica de árboles y pastizales abiertos de estos sistemas. Sin embargo, no existen estudios que integren todo el ecosistema, incluyendo la capa arbórea y herbácea, como impulsores de la dinámica de gases de efecto invernadero (GEI: CO, CH y NO). Aquí, nuestro objetivo fue integrar la influencia de las copas de los árboles y las interacciones entre los tipos funcionales de plantas (TFP: gramíneas, hierbas y leguminosas) de la capa herbácea como impulsores del intercambio de GEI. Con ese propósito, realizamos encuestas de GEI basadas en cámaras en parcelas dominadas por tipos de copas representativas de los prados de encina ibérica, incluyendo especies y rodales, este último un plantío de árboles común que reemplaza a los rodales tradicionales, y desentrañamos los impulsores de GEI a través de un enfoque de modelo de interacción de diversidad. Nuestros resultados muestran que la estructura de pastizales abiertos de árboles, especialmente impulsó los flujos de CO y NO, con emisiones más altas bajo la copa que en el pastizal abierto. Las emisiones bajo las copas son mayores que las bajo las especies. Además, la inclusión de términos de diversidad y composición de la capa herbácea mejora la variabilidad explicada, con las leguminosas mejorando la captura de CO y las emisiones de NO. Los cambios en la cobertura arbórea y la composición de especies arbóreas, en combinación con cambios en la estructura y composición de la capa herbácea, implicarán cambios profundos en el intercambio de GEI de los prados de encina ibérica. Estos resultados pueden proporcionar algunas pautas para llevar a cabo mejores estrategias de gestión de este vasto pero vulnerable ecosistema.