Existen diferencias obvias en calidad entre las diferentes variedades de la misma planta, y no está claro si se pueden distinguir efectivamente entre sí desde un punto de vista bacteriano. En este estudio, se utilizaron 44 variedades de árbol de té para analizar la comunidad bacteriana del suelo de la rizosfera utilizando tecnología de secuenciación de alto rendimiento, y se utilizaron cinco tipos de aprendizaje profundo de máquina para modelar y obtener microorganismos característicos que puedan diferenciar efectivamente las diferentes variedades, y se realizó una validación. Se analizó además la relación entre los microorganismos característicos, la transformación de nutrientes del suelo y la formación de la calidad del té. Se encontró que las 44 variedades de árbol de té se clasificaron en dos grupos (grupo A y grupo B) y las bacterias características que las distinguieron provenían de 23 géneros. En segundo lugar, el contenido de nutrientes disponibles en el suelo de la rizosfera (nitrógeno disponible, fósforo disponible y potasio disponible) y los índices de calidad del té (polifenoles del té, teanina y cafeína) fueron significativamente más altos en el grupo A que en el grupo B. El resultado de la clasificación basado en ambos fue consistente con las bacterias mencionadas. Este estudio proporciona una nueva perspectiva y metodología de investigación sobre las principales razones de la formación de diferencias de calidad entre las diferentes variedades de la misma planta.