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Árboles de sufijos comprimidos prácticos

Autores: Abeliuk, Andrés; Cánovas, Rodrigo; Navarro, Gonzalo

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2013

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Acceso abierto

Artículo científico
2013

Árboles de sufijos comprimidos prácticos


Categoría

Ingeniería y Tecnología

Subcategoría

Ingeniería de Software

Palabras clave

árbol de sufijos
Bioinformática
Representaciones comprimidas
Compensaciones espacio-temporales
índice modificado
Colecciones repetitivas

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 36

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
El árbol de sufijos es una estructura de datos extremadamente importante en bioinformática. Las implementaciones clásicas requieren mucho espacio, lo que las hace inútiles para manejar grandes colecciones de secuencias. Investigaciones recientes han obtenido varias representaciones comprimidas para árboles de sufijos, con diferentes compensaciones de espacio y tiempo. En este documento mostramos cómo el uso de produce nuevas representaciones que logran compensaciones prácticas entre espacio y tiempo. Además, demostramos cómo esos árboles pueden modificarse para indexar colecciones altamente repetitivas, obteniendo la primera representación comprimida de árbol de sufijos que se adapta eficazmente a ese escenario.

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