La infección por dengue, causada por el virus del dengue, es una amenaza global que requiere atención inmediata y un manejo adecuado de la enfermedad. El diagnóstico actual de la infección por dengue se basa en gran medida en la aislamiento viral, RT-PCR y detección basada en serología, que son procesos que consumen tiempo y son costosos, además de requerir personal capacitado. Para el diagnóstico temprano del dengue, la detección directa de un objetivo antigénico del dengue es eficaz, y uno de esos objetivos es NS1. La detección basada en NS1 es principalmente centrada en anticuerpos y presenta desventajas relacionadas con los anticuerpos, como el alto costo de síntesis y la gran variación entre lotes. Los aptámeros son sustitutos potenciales de los anticuerpos y son mucho más baratos, sin mostrar variación entre lotes. Dadas estas ventajas, buscamos aislar aptámeros de ARN contra la proteína NS1 del virus del dengue serotipo 2. Se llevaron a cabo un total de 11 ciclos de SELEX, resultando en dos aptámeros potentes, DENV-3 y DENV-6, con valores de constante de disociación estimados en 37.57 +/- 10.34 nM y 41.40 +/- 9.29 nM, respectivamente. Estos aptámeros pueden ser miniaturizados a TDENV-3 y TDENV-6a con un LOD aumentado al ser utilizados en ELASA directa. Además, estos aptámeros truncados son altamente específicos contra el NS1 del dengue, mostrando ninguna reactividad cruzada contra el NS1 del virus Zika, la proteína E2 del virus Chikungunya o la proteína LipL32 de Leptospira, manteniendo la selectividad del objetivo incluso en suero humano. El uso de TDENV-3 como sonda de captura y TDENV-6a como sonda de detección sustentó el desarrollo de un ELASA tipo sándwich basado en aptámeros para la detección de NS1 del dengue. La sensibilidad del ELASA tipo sándwich se mejoró aún más con la estabilización de los aptámeros truncados y la estrategia de incubación repetida, lo que permitió un LOD de 2 nM cuando se utilizó con el NS1 objetivo añadido en suero humano diluido a 1:2000.