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Aproximación de algoritmos para ordenar permutaciones mediante operaciones

Autores: Miranda, Guilherme Henrique Santos; Alexandrino, Alexsandro Oliveira; Lintzmayer, Carla Negri; Dias, Zanoni

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2021

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Acceso abierto

Artículo científico
2021

Aproximación de algoritmos para ordenar permutaciones mediante operaciones


Categoría

Ingeniería y Tecnología

Subcategoría

Ingeniería de Software

Palabras clave

Organismos
Genómica comparativa
Distancia de reordenamiento
Permutaciones
Ordenamiento
Reordenamientos

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 37

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
Entender cuán diferentes son dos organismos es una pregunta abordada por el campo de la genómica comparativa. Una forma bien aceptada de estimar la distancia evolutiva entre los genomas de dos organismos es encontrar la distancia de reordenamiento, que es el menor número de reordenamientos necesarios para transformar un genoma en otro. Al representar los genomas como permutaciones, uno de ellos puede ser representado como la permutación identidad, y, por lo tanto, reducimos el problema de transformar una permutación en otra al problema de ordenar una permutación usando el menor número de reordenamientos. Este trabajo investiga los problemas de ordenar permutaciones usando inversiones y/o transposiciones, con algunas restricciones adicionales de relevancia biológica. Dado un valor , el problema ahora es cómo ordenar una -permutación, que es una permutación cuyos elementos están a menos de posiciones de sus lugares correctos (con respecto a la identidad), aplicando el menor número de reordenamientos. Cada -reordenamiento debe tener un tamaño, como máximo, , y, cuando se aplica a una -permutación, el resultado también debe ser una -permutación. Presentamos algoritmos con factores de aproximación de , , y para los problemas de Ordenar -Permutaciones por -Inversiones, por -Transposiciones y por ambas operaciones.

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