Aproximación de algoritmos para ordenar permutaciones mediante operaciones
Autores: Miranda, Guilherme Henrique Santos; Alexandrino, Alexsandro Oliveira; Lintzmayer, Carla Negri; Dias, Zanoni
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
2021
Aproximación de algoritmos para ordenar permutaciones mediante operaciones
Categoría
Ingeniería y Tecnología
Subcategoría
Ingeniería de Software
Palabras clave
Organismos
Genómica comparativa
Distancia de reordenamiento
Permutaciones
Ordenamiento
Reordenamientos
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 37
Citaciones: Sin citaciones
Entender cuán diferentes son dos organismos es una pregunta abordada por el campo de la genómica comparativa. Una forma bien aceptada de estimar la distancia evolutiva entre los genomas de dos organismos es encontrar la distancia de reordenamiento, que es el menor número de reordenamientos necesarios para transformar un genoma en otro. Al representar los genomas como permutaciones, uno de ellos puede ser representado como la permutación identidad, y, por lo tanto, reducimos el problema de transformar una permutación en otra al problema de ordenar una permutación usando el menor número de reordenamientos. Este trabajo investiga los problemas de ordenar permutaciones usando inversiones y/o transposiciones, con algunas restricciones adicionales de relevancia biológica. Dado un valor , el problema ahora es cómo ordenar una -permutación, que es una permutación cuyos elementos están a menos de posiciones de sus lugares correctos (con respecto a la identidad), aplicando el menor número de reordenamientos. Cada -reordenamiento debe tener un tamaño, como máximo, , y, cuando se aplica a una -permutación, el resultado también debe ser una -permutación. Presentamos algoritmos con factores de aproximación de , , y para los problemas de Ordenar -Permutaciones por -Inversiones, por -Transposiciones y por ambas operaciones.
Descripción
Entender cuán diferentes son dos organismos es una pregunta abordada por el campo de la genómica comparativa. Una forma bien aceptada de estimar la distancia evolutiva entre los genomas de dos organismos es encontrar la distancia de reordenamiento, que es el menor número de reordenamientos necesarios para transformar un genoma en otro. Al representar los genomas como permutaciones, uno de ellos puede ser representado como la permutación identidad, y, por lo tanto, reducimos el problema de transformar una permutación en otra al problema de ordenar una permutación usando el menor número de reordenamientos. Este trabajo investiga los problemas de ordenar permutaciones usando inversiones y/o transposiciones, con algunas restricciones adicionales de relevancia biológica. Dado un valor , el problema ahora es cómo ordenar una -permutación, que es una permutación cuyos elementos están a menos de posiciones de sus lugares correctos (con respecto a la identidad), aplicando el menor número de reordenamientos. Cada -reordenamiento debe tener un tamaño, como máximo, , y, cuando se aplica a una -permutación, el resultado también debe ser una -permutación. Presentamos algoritmos con factores de aproximación de , , y para los problemas de Ordenar -Permutaciones por -Inversiones, por -Transposiciones y por ambas operaciones.